ورود ذرات باردار به یون‌سپهر، می‌تواند تغییراتی در غلظت الکترونی لایه‌های یون‌سپهری به وجود آورد. در روزهای آرام مغناطیسی، ذرات بارداری موسوم به باد خورشیدی که از خورشید به سمت زمین می‌وزند می‌توانند به صورت محدودی در مناطق قطبی زمین به جو زمین وارد شوند. اما تعداد ذرات ورودی به جو زمین در هنگام اختلال‌های شدید در خورشید و به علت سرعت زیادی که این ذرات در این زمان‌ها دارند خیلی بیشتر می‌شود. بنابراین تغییرات شدیدی در یون‌سپهر در هنگام وقوع چنین اختلال‌های رخ می‌دهد. در این مقاله اثرات وقوع توفان مغناطیسی بر لایه‌های D و E بحث شده و این اثرات بر لایة F2، ناشی از توفان‌های مغناطیسی در روزهای 18 اوت 2002 برای رصدخانه جولیوسرا در آلمان و 15 مه 2005 در رصدخانه اِسلاو انگلستان مورد بحث و بررسی قرار گرفته است. کاهش چگالی یا غلظت الکترونی لایة F2 در زمان‌های بعد از وقوع توفان مغناطیسی، به‌خصوص در هنگام شب، به طور واضح قابل مشاهده است.
)